北京大运河博物馆常设展以「京华通惠 运河永济」为主题，共陈列超过1000件展品，以时间为轴还原大运河发展演变历史，着重展示大运河与北京的密切关系，系统展现运河沿线人文历史价值内涵。
北京地区的先民自古就与河流密切共生，河流不仅为人们提供生活必需的饮用和灌溉水源，还提供了便利的交通运输方式。随着生产力的发展，人们开始修建运河以满足日益增长的运输需求。
带木柄铁锸，隋代，北京市海淀区紫竹院高梁河出土
隋代大规模开凿、疏浚运河，形成以都城为中心，北抵涿郡（今北京）、南达明州（今宁波）的大运河体系，完成大运河的第一次全线贯通。隋唐大运河将当时的北京地区同中原、江淮地区紧密联结起来，在中国历史上具有十分重要的意义。
辽金与两宋时期，幽州地区从军事重镇向王朝都城迈进。政治中心的变化使漕运方向和路线发生重大改变，运河随之分为南北两个系统。金代海陵王迁都燕京后，疏浚水道积极探索和开发中都漕渠，为元代大运河建设积累了经验。
定窑白釉刻花葵瓣碗，金代，北京市通州区石宗璧墓出土
忽必烈建立元朝后，对隋唐大运河「裁弯取直」，从杭州直通大都，构建出京杭大运河的基本形态。京杭大运河的开通不仅满足了大都城漕运的需要，而且促进了南北经济、文化的交流融合，加强了政治中心与经济中心之间的联动。
明清两代，京杭大运河继续发挥沟通南北，特别是连接国家政治中心与经济中心的作用。河工体制和运河漕运制度得到进一步完善，地方辐辏中央之势、中央统御地方之力不断强化，运河沿线的城市及区域文化日益繁盛。
苏州府吴江县万历十三年五十两金花银铭文银锭，明万历十三年（1585），北京市海淀区八里庄靶坊李伟墓出土
自清末停漕以来，河道迅速衰败，尽管各界运用新型技术治水的理念层出不穷，治理方案也几经尝试，但实际效果始终不尽如人意。另一方面，伴随着近代城市化发展，运河水系在功能上呈现出从「官用」到「民用」的发展趋向。
中华人民共和国成立后，党和国家高度重视治河与治水，大运河经过综合治理焕然新生，各种水旱灾害基本消除。进入新时代，大运河以全新姿态展示在世人面前，城河相融、人河相亲。
缠枝莲飞凤纹透腿铜镜，唐代
黄道窑黄釉蓝斑席纹执壶，唐代
黄釉碾，唐代
磁州窑白地褐彩龙凤纹罐，金代，北京市房山区金陵遗址出土
石宗璧墓志，金代，北京市通州区石宗璧墓出土
湖州真石家葵花形铜镜，金代，北京市通州区石宗璧墓出土
景德镇窑青白釉匜，元代，北京市昌平区元墓出土
广寒宫螺钿漆器残片，元代，北京市西城区后英房元大都遗址出土
龙泉窑青釉划花缠枝莲纹玉壶春瓶，元代，北京市朝阳区东坝七棵树村出土
客杭日记残稿，郭畀，元代
《黄河图》卷（局部），清代
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